Untuk mewujudkan visi tersebut, disusun misi-misi PSPA sebagai berikut :
- Membangun suasana akademik yang religius untuk Menghasilkan Apoteker yang berakhlak mulia
- Menyelenggarakan pendidikan PSPA dengan penguatan kurikulum dalam bidang farmasi klinik dan komunitas
- Menyelenggarakan penelitian yang relevan dalam bidang farmasi klinik dan komunitas untuk meningkatkan derajat kesehatan masyarakat
- Menyelenggarakan pengabdian masyarakat dalam praktek farmasi klinik dan komunitas
- Menghasilkan apoteker yang mampu mewujudkan 9 star of pharmacist